Il problema di Apple con le telecamere è che nativamente non è molto compatibile con i formati standard (come
Windows Media Video, M2TS (AVCHD), MPEG2), e iMovie per quello che ne so io fa una conversione intermedia per gestire l'editing.
Ora, mi sembra comunque stranissimo che il risultato finale dell'elaborazione possa rovinare in questo modo il video, proverei a usare altri software per capire se è effettivamente quicktime che da problemi. Tanto per cominciare un software come VLC per la lettura http://www.videolan.org
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@ dona13, prova anche tu a scaricare VLC per Windows